乙脑灭活疫苗与减毒疫苗有很大的不同之处，就是因为乙脑灭活疫苗是由死病毒制作而成，副作用比较小，要经过多次的注射，才能在婴儿体内产生抗体。
反复的注射会使婴儿的疼痛和副作用的发生率提高。乙脑减毒疫苗是一种活疫苗，有一定的免疫排斥作用，副作用比较大，但是免疫效果好，接种次数少，对孩子的危害小，更容易为父母所接受。所以，乙脑减毒疫苗优于减毒疫苗。
乙脑疫苗的不良反应之中就会有发烧的症状，属于正常的免疫反应如果不超过39度，使用物理降温的方法。可以用温水擦拭身体，但注意保暖，也可以使用毛巾包裹冰袋儿，放于腋下，腹股沟处。
乙脑疫苗包括乙脑减毒活疫苗和乙脑灭活疫苗两种，两种疫苗的接种时间是有区别的。首先是乙脑灭活疫苗是国家规定基础免疫共注射两针，出生后满6个月的婴儿，开始接种第一针，7到10天后接种第二针，一岁半到两岁左右，以及四岁的时候，各加强一针，六岁的时候再加强一针。其次是乙脑减毒活疫苗是1岁的时候接种第一针，2岁时加强免疫一针，7岁时再加强免疫一针。
接种乙脑疫苗几乎没有什么副反应，个别的孩子会出现两天以内的轻微的发热的症状，均在38℃以下。此外七岁以上的孩子儿童如果是需要加强接种的时候，接种的部位可能会出现红肿，偶尔也有血管性的水肿和过敏性的休克，发生在注射后的10-30分钟。
乙脑减毒活疫苗不良反应发生率比较低。主要表现为局部反应和全身症状。接种部位在上臂外侧三角肌下缘，皮下注射，可以引起该部位局部红肿，硬结，疼痛，一般症状较轻，用温毛巾局部热敷后1-2天，可以消失。
乙脑疫苗是预防流行性乙型脑炎的有效措施，对于乙脑疫苗注射以后出现的一些不良反应，如全身性的，发烧37—38摄氏度中间，伴随有腹泻，腹疼等，另外如果出现了反复注射的话不良反应的概率会高一点，所以注射以后要观察宝宝的反应，发现异常要及时就医。
