非常客观地说，结肠镜检查没有痛苦。只有看到结肠镜这么长，以至于它从肛门插入肠道。首先，有一种恐惧感。如果受到刺激，会感到过敏。只有在检查过程中，才会将二氧化碳气体注入肠腔，使肠道扩张，以便更好地观察。有时感觉有点腹胀，医生会在检查前尽可能释放气体。
肠镜从狭义上讲，实际上就是结肠镜。而从广泛的意义来讲，肠镜包括很多种类如小肠镜、直肠镜、结肠镜等。不同的肠镜其适应证也是不一样，比如小肠镜示经口进行检查，其依次经过食管、胃、十二指肠最终进入小肠。因此其不仅可以明确小肠的病变，还能够进一步明确食管、胃和十二指肠是否存在异常。而直肠镜和结肠镜是经肛门进入。
肠镜从狭义上讲，实际上就是结肠镜。而从广泛的意义来讲，肠镜包括很多种类如小肠镜、直肠镜、结肠镜等。不同的肠镜其适应证也是不一样，比如小肠镜示经口进行检查，其依次经过食管、胃、十二指肠最终进入小肠。因此其不仅可以明确小肠的病变，还能够进一步明确食管、胃和十二指肠是否存在异常。而直肠镜和结肠镜是经肛门进入。
普通肠镜的腹痛程度主要和内镜医师的操作水平，肠道病变的情况以及被检查者的耐受度有很大的关系。大部分情况下肠镜引起的腹痛症状均是在可以耐受的范围内，但是对于过度紧张、肠道走行迂曲、炎症性病变明显、肠道准备不充分的人群，进行肠道检查时有可能疼痛较为明显。当然如果内镜医师经验尚浅，操作不规范、进镜过快、注水注气过多也可以造成明显的腹痛。有时腹痛剧烈，难以忍受。
结肠镜检查是一种侵入式检查。肛门涂有润滑剂，然后从肛门插入结肠镜。检查过程会引起轻微的疼痛，放松全身来配合检查就可以了，平时吃一些清淡易消化的食物，避免吃一些干燥坚硬的食物，和辛辣刺激的食物，多休息。
