在临床上，肌腱鞘囊肿主要发生于手腕、踝关节、足背等关节。
如果是在皮肤表面，那么就会出现肌腱鞘囊肿，这是因为肌腱鞘炎导致的，导致了周围的粘液量增加，然后在关节处的肌腱周围堆积，然后被炎症增生的粘液膜膜壁所包裹，从而导致囊肿的发生。可以是一种类似于半球状的包块，在关节处就好像是一种类似于肌肤的凸出，具有一定的弹性。
肝囊肿可以在肝脏的任何位置。只要在肝脏的实质里面都可以发生肝囊肿，肝囊肿很多正常人都有，大部分人肝囊肿的人都是静止状态的。如果肝囊肿不超过十公分大小，可以不做任何治疗，终生保守观察随访。
卵巢囊肿表面光滑，体积大小不一，一般小干5cm.可移动，也可以发展成巨大囊肿，可以是单囊肿或多囊，每个囊腔大小不一囊肿增大较慢，病程较长.无腹水是良性。卵巢癌会产生身体不适，有时发热，消瘦快.卵巢癌会肿块增长很快，病程短，肿块表面有结节而且会产生腹水.肿瘤标志物检查会明显升高。
常发生在下唇内侧粘膜多见，多数有咬下唇的习惯，唾液腺囊肿的治疗方法是手术切除囊肿以及囊肿周围的腺体组织，以防止囊肿复发。一般术后一周拆线，手术后予以流质或半流质为主。
肛门囊肿主要因为肛腺感染而发病，也可以继发在肛周皮肤感染、内痔、损伤等，肛门部位发病后，会产生疼痛的症状，疼痛非常的严重，且会产生跳痛的症状。痔疮容易发生在任何的年龄，是一种常见的肛肠疾病，单纯性的内痔，没有疼痛出现，但会产生明显的坠胀感，导致出血加重，且会发展成为脱垂。
