卵巢巧克力囊肿手术后是会复发的，复发率也是比较高的。复发的原因主要是因为巧克力囊肿大多数造成囊肿与子宫内壁发生粘连，通过手术也很难将囊肿完全切除，在切除的时候多数会造成囊肿破裂，从而引起复发。
卵巢巧克力囊肿治疗后不会影响生育。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是最符合本病处理方法。平时注意休息，以清淡易消化饮食为主，避免辛辣刺激性食物。
巧克力囊肿术后复发率大概在40%左右。如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全去除掉，所以就会复发。
做完卵巢巧克力囊肿手术后，没有给予相应的干预，5年-10年左右就会有复发的可能性。这主要是因为巧克力囊肿是由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢引起囊肿，手术很难把这种活性细胞根除。
卵巢囊肿是有复发可能的，卵巢囊肿容易复发的常见原因：手术只能把可见的巧克力囊肿剥除，但不能保证将潜伏着的很小的巧克力囊肿全部清除。而由于手术本身具有破坏性，一定程度上又会刺激这部分残留的巧克力囊肿生长。
卵巢囊肿手术后有可能会复发的，卵巢囊肿如果不算大，不超过五公分，一般不需要手术的，注意复查就可以了，卵巢囊肿一般变化比较大的，如果囊肿比较大，就要手术了，但囊肿做了剥离手术后还有可能会复发的，手术后还要注意定期复查。
