保守治疗，一般多囊肾处于早期，若出现相关临床症状，可做对症处理，如减少囊液分泌、降低血压或者采用一些结合的药物，来缓解患者的症状；手术治疗，多采用囊肿去顶减压术治疗，即把肾脏囊肿单独打开，降低对周围正常肾组织的压迫，保护正常肾组织的功能。
多囊肾的治疗方法可采取开放腔镜手术和微创手术进行治疗，对压迫肾脏的囊做去顶减压治疗以改善症状。如果有感染，那么就要控制感染，如果长结石，那么就需要按照肾结石来治疗，对于多囊肾里头，某些囊肿长的比较大的，可以去做穿刺，或者是做腹腔镜。
多囊肾病人的合理饮食对控制肾功能恶化非常重要。采用低盐饮食，每天二到三克食用盐为宜，少吃含钾、磷饮食，宜低蛋白、低脂肪饮食，多吃富含维生素与植物粗纤维饮食，保持大便通畅。
遗传多囊肾严重，病人身体内携带多囊肾基因，可以造成多种脏器的病变，包括肝脏、胰腺、脾脏、脑动脉等，突出的损害是肾脏，肾脏内囊泡的数量非常多，体积会越长越大，最终可能会造成肾功能衰竭，大概有一半的患者在60岁的时候会进入到尿毒症。
多囊肾的如果出现了压迫症状明显，肾功能处在失代偿阶段，可以进行囊肿去顶减压术，一般手术分侧进行。手术的同时，一定要在生活饮食习惯上多注意，中药的辨证论治在治疗多囊肾方面有一定效果。
