妊娠期间使用各种剂量的环磷酰胺对人和各种试验动物均有明显致畸作用Ⅲ级，妊娠期禁用该药。妊娠早期用药会导致脑、颜面结构、肢体、内脏器官的广泛畸形，中晚期用药则可引起胎儿生长受限、造血抑制和神经系统发育受损。妊娠前用药不增加胎儿畸形和流产发生率，停药3个月后可妊娠。
环磷酰胺对肾病综合征的作用主要是抑制免疫炎症的反应，降低尿蛋白，稳定肾功能，延缓肾功能的纤维化以及肾功能衰竭，防止进入到尿毒症期。环磷酰胺主要适用于激素依赖型，或者激素无效型的肾病综合征患者，主要是协同激素治疗。
具有治疗各种自身免疫疾病的作用，膜性肾病的发病机制仅仅是由自身免疫损伤引起的，这是有针对性的治疗。环磷酰胺是一种免疫抑制剂，抑制细胞增殖，非特异性杀死抗原敏感性低的淋巴细胞，限制它们转化为免疫母细胞。
其实不管是宫颈切除术还是子宫切除术，都会给女性的生育功能造成一定的影响，也可以说，只要做过宫颈手术，女性的生育几率就会降低，因为宫颈被切除了，部分甚至全切除，剩下的宫体和组织是不能够保证正常孕育和足月妊娠的。因此需要进行宫颈切除的病人，在手术之前，也应该明确的了解宫颈切除所带来的影响，而且在确定疾病之后，应该及早的进行治疗避免影响到将来的生育功能。
环磷酰胺是一种免疫抑制剂，可以用于治疗多种自身免疫性疾病，如血管炎，类风湿性关节炎，系统性红斑狼疮，原发性肾病综合征等环磷酰胺属于烷化剂，他的免疫抑制程度与剂量和疗程有关，环磷酰可以减少T细胞和b细胞，从而抑制细胞和体液免疫，来达到治疗效果。
