脑干出血一旦发生后，需要立即就医，并入住神经外科重症监护室。如果脑干出血量比较小，可以予以保守治疗。保守治疗主要包括动态监测患者生命体征、积极控制血压、动态复查头部CT，同时使用脱水降颅压药物、护胃药物及预防下肢深静脉血栓的药物等。
脑干出血后遗症多会表现为颅神经异常，眼球活动异常，眼球内收障碍、外展障碍，瞳孔可能也会出现异常，如果影响三叉神经脊束核，患者会出现改面部感觉异常，如果影响到面、舌神经核，可以出现面瘫，主要是中枢性面瘫，还有舌瘫伸舌偏向一侧。如果影响了双侧锥体束，患者会出现肢体无力、偏瘫。如果双侧受累就会出现四肢瘫。总之脑干的后遗症的临床表现，主要根据受损部位的不同而表现不同。
脑干出血5ml，如果在住院期间没有发生相关严重的并发症，比如再出血、肺部感染、下肢深静脉血栓等并发症，患者很有可能得到较好的康复，其存活时间可能达到5年，甚至10年以上。如果在住院期间发生再出血，或者严重的脑水肿及相关并发症，患者有可能会在3周之内发生死亡。
脑干出血的位置不好很容易留下后遗症，如果出血的量大，也有可能会有生命的危险，需要积极的去正规医院的神经外科住院治疗，可以根据出血的程度以及病人的情况选择治疗方法，可以保守治疗，也可以微创手术。
脑主干出血是否能治疗好，这必须视具体情况而定。
因为对某些小量脑干出血如出血为2~3毫升者，在功能区明显时，治疗均无问题，但若为大量脑干出血，并且处在位于主要功能区，这个是没有办法治愈的。常常这种脑干出血，有可能导致病人早期死亡。
对于脑主干出血，无论是何种病因引发的，都较为严重，建议及时就医采取治疗，在日常做好绝对卧床，避免复发。
