手术是肛瘘的唯一治好的办法。手术要注意将肛门括约肌的损伤减至最低程度，以尽量保护肛门括约功能，避免发生肛门失禁的后遗症，这种复杂性肛瘘术后一般大约需1个半月到2个月左右时间才可完全治好。
如果肛瘘诊断已经明确，那么成年人的肛瘘基本上都得通过手术进行彻底的治疗，肛瘘属于人为切开以后所遗留下来的管道，所以无论是肛周脓肿还是肛瘘，都要进行手术，必要时将瘘管周围瘢痕走之，同时切除使伤口至基底向上逐渐痊愈。
肛瘘较为常见，一岁半的宝宝肛瘘也是能做手术的，手术是治愈肛瘘的唯一方法。
肛瘘可分为内口、瘘管和外口，内口主要在肛内与肠腔相结合，药物保守治疗只能缓解症状，还会容易反复发作，只有手术治疗，把内口准确的找到切开，并做挂线处理，同时把瘘管切开做好引流。术后注意伤口的定期换药，促进伤口长出新的肉芽快速愈合，避免出现假性愈合而导致手术失败，引起复发。
因此，一岁半宝宝肛瘘能做手术治疗，但具体的手术治疗方案要根据患者病情，综合评估来决定。
患有肛瘘，药物治疗的效果不是很好，尽量还是手术治疗，可以选择三级以上医院进行手术治疗，术后护理很快就会恢复，通常多喝水，多吃蔬菜水果。少吃辛辣食物，尽量保持大便通畅，防止便秘，不抽烟不喝酒，不熬夜，工作和休息规则。
肛瘘表明它很严重，痔疮或肛裂没有得到及时治疗。必须通过手术治疗，因为没有办法用当地药物恢复。日常生活要有规律，要养成规律排便的习惯，以免大便干燥。还需要多喝水，多吃新鲜蔬菜和水果，避免长时间坐着。
肛瘘的治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。肛瘘不能自愈。肛瘘的手术方式很多，手术的关键是尽量减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时避免肛瘘的复发。肛瘘的治疗方法分为两种：传统手术和微创手术。
