肛瘘多为化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎等感染亦可所致。最佳治疗办法可以手术处理。通常术后需要半月到一月时间恢复，手术观察期间一定要注意饮食生活作息，少吃辛辣刺激的食物，少喝酒，多注意局部的卫生清洗，勤换内裤。
肛瘘手术要忌辛辣刺激，多食新鲜蔬菜水果，少食多餐。预防大便干燥，每天温水坐浴，注意局部的清洁卫生，消毒伤口预防感染。需要注意营养来改善，同时需要注意休息帮助改善。
肛瘘手术后不久(一般是术后1~3个月内)发生假性愈合的情况是指瘘外口和瘘管表面的皮肤看上去已经愈合了，但里面的瘘管并没有愈合而且还和瘘内口相通联，这就还会在瘘管内形成脓肿，最终导致肛瘘复发。
手术以后的饮食就非常重要，首先要进食容易消化的食物，多吃水果和蔬菜，尽量保持排稀便，纠正便秘，适当的进行功能锻炼。并且要避免暴饮暴食，每次在排便之后要及时的进行清洗，并且找医生进行换药。
术后的二十四小时之后，要将伤口里面的填充物取出来，按时服用抗生素。肛瘘术后四十八个小时之后促进排便。日常要适当地做肢体动作，可以增强体质，对伤口的恢复更加快速。
