巧克力囊肿手术可以选择开腹及腹腔镜两种。如果是开腹手术需要5千元-6千元；如果是选择微创手术腹腔镜，费用要高些7千元-9千元；因为巧克力囊肿的特殊性，术后是需要服用药物或是打针防止复发的。根据做的方法不同费用5千元-8千元；术后需要应用防止复发的药物。
如果是单纯性的卵巢囊肿，多跟体内的激素水平波动有关，从描述来看，没有继续增加，病人可以到当地正规的大医院，检查，听从医生的安排。一般在时间的推移，会出现卵巢囊肿增长，需要定期做复查，如果增长速度较快，需要做手术的。
卵巢巧克力囊肿属于盆腔子宫内膜异位症一种，有复发的风险。手术过程当中，不可能将微小的病灶全部去除，因此部分女性在术后囊肿复发。如果囊肿持续增大，需要手术治疗，配合一些药物使用。
闭经后囊肿可以缩小，但不会好，停药后又会生长。一般巧克力囊肿和来月经就有一定的关系等不来月经的巧克力囊肿慢慢会萎缩的。及时进一步检查确诊是否有可能是妇科恶性疾病的情况以便及时做出正确的处理方案。
要注意劳逸结合，不要过度劳累，避免高度紧张及精神刺激，保持乐观开朗的心情，和平和的心态，增强机体的免疫力，平时注意保暖避免感冒受寒。加强体育锻炼，增强体质，多在阳光下运动，多出汗可将体内酸性物质。有辅助恢复的作用。
巧克力囊肿是子宫内膜异位引起的一种良性病变，是发生在卵巢上的隶属于子宫内膜异位症的一种。此病的特点是，手术复发率高。目前治疗相对比较好的是中医保守治疗。此病以继发性加重的痛经、不孕为主要表现特征。此病目前在妇科病症中的发病率占道了30%左右。
