输尿管结石微创手术方法包括输尿管镜和经皮肾镜手术。输尿管镜手术，通过输尿管软镜技术将输尿管或肾中结石取出，不适用于较大的结石；经皮肾镜手术，从腰上肾的部位打一个小孔，直到结石部位，通过特殊的器械和方法，把结石打碎，从小孔取出。体外冲击波碎石，又称微波碎石或震波碎石，是较常用的方法，具有花费小、损伤小、恢复快和费用低等优点。
输尿管结石手术，常见的就是输尿管镜钬激光碎石、输尿管切开取石、腹腔镜切开取石以及经皮肾镜手术碎石取石，这些手术都需要麻醉，手术后都需要留置DJ管在输尿管内支撑，所以这些手术后患者不能有效的排尿，所以必须要留置尿管。
通常在7天-10天会拔管，输尿管内也会放一个双接管，需要病患出院带回家，在手术后一个月，再到医院进行拔除。体内有双接管要少活动、勤排尿，避免双接管摩擦膀胱内壁引起疼痛和血尿。
输尿管结石手术费用在30000-50000元之间，手术费用从最简单的不需要麻醉的体外碎石的一两千块钱，到微创手术，输尿管硬镜的两万多块钱不等，经皮肾镜以及输尿管软镜，总的算需要30000-50000元左右。
如果是输尿管下段的结石，体积小于1cm以下，一次体外冲击波碎石以后，大约3-5天左右结石就可排出，最长不超过1周。但是输尿管上段的结石，可能需要5-7天左右，最长可延长至10天左右才可排出。
输尿管结石的外科手术包括经尿道的输尿管镜碎石取石术以及腹腔镜或开放的输尿管切开取石术。输尿管中下段的结石，可选择经尿道输尿管镜手术；输尿管上段的结石，可选择输尿管软镜手术；若微创腔内技术无法处理的输尿管结石，则选择腹腔镜或开放的输尿管切开取石。无论哪类外科手术治疗输尿管结石，治疗效果均较好。
