夜间酵素副作用是过敏反应，少部分人进食后，会引起皮疹、瘙痒、出汗、腹痛等不良反应，因此对酵素过敏者应该禁用。糖尿病病人应该慎用。容易引起胃部不舒适的感觉，酵素属于弱酸性的物质。
通常情况下，夜间酵素具有一定的减肥作用。
夜间酵素里含有大量的生物活性酶和多种微量元素，可以在一定程度上加快胃肠的蠕动，促进身体的新陈代谢，排出体内的垃圾，而且还可以帮助身体提高脂肪的分解率，同时可以提高睡眠质量，所以夜间酵素具有一定的减肥作用。但是减肥需要保持营养均衡，多吃营养丰富的食物；适当进行运动，不能长期通过夜间酵素减肥，不利于健康，并且体重容易反弹。
可以加速人体的代谢和吸收，清理体内所堆积的垃圾，净化体内环境。最大的功效就是清理肠道毒素，通便排毒及净化血液，正常用于身体堆积过多毒素导致的肥胖有很好的效果。便秘、亚健康、生活不规律等都可以服用医食同源夜间酵素，服用该酵素可以增强免疫力、抵抗亚健康、有助于睡眠、改善肠道环境、帮助消化的作用。
通常情况下，孕妇可以喝酵素，但是不能多喝。
可以增强机体的免疫力，恢复弱碱体质，促进产后恢复，增加母乳质量等，可以多喝一些酵母菌，平时多吃些新鲜的蔬菜和水果，多做一些简单的体力活动，增强体质，保证充足的睡眠，避免熬夜，不能剧烈运动。怀孕期间，女性注意保暖，且一定要注意休息，避免多度劳累；注意适时的通风换气，保证空气清新流通。
喝酵素脸上冒痘不是什么异常现象，而是一种酶在起作用，是排毒的表现。
酵素具有加速新陈代谢、排泄毒素、清除肠毒、肝胆毒、血液淋巴毒素等功效，还能调节内分泌，使身体机能恢复正常，使青春痘恢复，提高肌肤的抵抗力。人体内的血液循环会加速，毒素会被排出体外，身体正在迅速的排毒，皮肤的排毒能力也会得到充分的发挥，所以长痘痘就是皮肤排毒的一种表现。脾胃有问题的人，很容易出现胃气上涌、长痘痘的几率。
不过这个痘痘也只是暂时性的，等体内的毒素被清除的差不多了，痘痘也会立刻消失，而且肌肤也会变得更加健康。尽管喝酵素长痘是一种短期的排毒，但也不是所有人都想要的。
建议在服用酵素的时候，要注意多喝水，多吃一些蔬菜和水果，以保证肠胃的畅通，避免胃火的上火。
一般情况下，喝了酵素爱放屁可能是正常的生理现象，也可能是消化系统功能紊乱、饮食不当等原因导致的。具体情况分析如下：
酵素中含有肠道所需的菌类，可以促进肠道排便。有些人吃完酵素后放屁，可能与酵素无关，可能是消化系统功能紊乱或者饮食不当引起的，还可能伴有腹痛，腹泻等症状，建议到医院检查，在医生的指导下服用一些改善肠道功能的药物。
