巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。
对于巧克力囊肿能需要治疗多久是要看个人的情况的，每个人的体质不同，时间也就不同。平时要注意自身保暖，经期，禁止激烈体育运动及重体力劳动，在月经期或月经中期一定要注意保持情绪稳定，避免过度劳累。情况严重时要手术进行治疗。
如果已经怀孕了，密切关注孕酮变化及巧囊大小变化；妊娠也是对巧囊的一种治疗和控制。巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗包括：假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，停药后，即复发，故对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
巧克力囊肿是有可能会复发的，巧克力囊肿一般是由于子宫内膜异位症造成的，一般如果巧克力囊肿比较大，建议进行手术治疗，手术治疗之后可以在医生指导下服用药物来治疗子宫内膜异位症，如果子宫内膜异位症恢复到正常，是不会再复发巧克力囊肿的。可去正规医院检查后确定治疗方案。
巧克力囊肿饮食应该注意饮食宜清淡，避免所有冷食。及时补充蛋白质、热量和必要的维生素、矿物质，如鱼肉、瘦肉、牛奶。在月经前后注意吃过热的汤和蔬菜。多吃新鲜的水果和蔬菜，如香菇、大枣等饮食应富含足够的营养，忌辛辣刺激性、海产品等，要控制烟酒。要避免油腻食物的摄入，包括肥肉、煎炸类食物。
卵巢巧克力囊肿危害还是非常大的：1、导致水肿，影响生活：卵巢囊肿者除了能感觉到食欲不良、体重减轻和腹部肿胀之外，还可能引起呕吐、发烧和腹部剧痛；后期甚至会导致腹部与四肢发生水肿。2、引发流产、难产：早孕时引起流产，中期妊娠时易导致卵巢蒂扭转，晚期妊娠时囊肿较大者会造成胎位异常，引起难产。
