输尿管结石微创手术方法包括输尿管镜和经皮肾镜手术。输尿管镜手术，通过输尿管软镜技术将输尿管或肾中结石取出，不适用于较大的结石；经皮肾镜手术，从腰上肾的部位打一个小孔，直到结石部位，通过特殊的器械和方法，把结石打碎，从小孔取出。体外冲击波碎石，又称微波碎石或震波碎石，是较常用的方法，具有花费小、损伤小、恢复快和费用低等优点。
通常在7天-10天会拔管，输尿管内也会放一个双接管，需要病患出院带回家，在手术后一个月，再到医院进行拔除。体内有双接管要少活动、勤排尿，避免双接管摩擦膀胱内壁引起疼痛和血尿。
输尿管结石手术，常见的就是输尿管镜钬激光碎石、输尿管切开取石、腹腔镜切开取石以及经皮肾镜手术碎石取石，这些手术都需要麻醉，手术后都需要留置DJ管在输尿管内支撑，所以这些手术后患者不能有效的排尿，所以必须要留置尿管。
针对输尿管结石，是否有排大便次数多，还是要依照患者的病情来进行具体的分析，比如有些输尿管结石，处在输尿管下段的时候，是可以刺激病人有排大便这种感觉。如果针对输尿管结石在中段或者上段，就不容易引起病人，排大便次数多的现象。
输尿管结石手术费用在30000-50000元之间，手术费用从最简单的不需要麻醉的体外碎石的一两千块钱，到微创手术，输尿管硬镜的两万多块钱不等，经皮肾镜以及输尿管软镜，总的算需要30000-50000元左右。
如果是输尿管下段的结石，体积小于1cm以下，一次体外冲击波碎石以后，大约3-5天左右结石就可排出，最长不超过1周。但是输尿管上段的结石，可能需要5-7天左右，最长可延长至10天左右才可排出。
