巧克力囊肿穿刺是在超声的检查下进行的手术。巧克力囊肿光是做穿刺是不能达到治好的作用，只是一时让囊肿变小而已，卵巢巧克力囊肿首选手术治疗。如果巧囊位置偏下，可试行穿刺术，但穿刺后巧囊极易复发，对妊娠率提高效果不显著，建议行腹腔镜探查术，术中行双侧巧克力囊肿剥除术，术后尽快怀孕的，一般是需要住院治疗的。
一般囊肿大于5厘米考虑是需要选择手术，囊肿接近5厘米的情况，暂时还不用手术，可以先用中药调理一段时间平时要避免劳累剧烈运动，避免油腻辛辣刺激饮食，过一段时间再复查一下B超，看看囊肿的变化，如果有增大明显，再考虑手术处理剥除囊肿。
手术之后至少休息一周的时间，在进行正常的活动，不建议过度的劳累，不要吃辛辣刺激生冷的食物，多注意休息，调整好心情，别喝凉的水和饮料，多吃些蔬菜水果，补充维生素增强微量元素。
健康孕妇吃适量巧克力不成问题。
若血糖正常、体重处于理想范围内、早孕反应较重，巧克力就是补充碳水化合物的绝佳食品。怀孕期间如有血糖、血脂异常则忌巧克力。
患者需要注意的是，如果怀孕期间体重增加过快或怀孕前体重增加较多，则宜少吃巧克力。主要是因为巧克力含有大量碳水化合物，对血糖血脂代谢有一定影响，有利于体重增加。
巧克力囊肿治疗时间是不确定的，要看病人的病因以及地方，不同地方治疗费不一样的，巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗包括：假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，停药后，即复发，故对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症中最常见的一类，卵巢巧克力囊肿随着病程的延长，囊肿内积血的不断增加，囊肿体积也随之增大。当囊腔内积血过多、压力过高时，可撑破囊壁薄弱部卵巢巧克力囊肿分，发生囊肿自发性破裂，囊内流出部分积血，压力降低后，囊壁破口常可自行复合。确诊为巧克力囊肿，一定要及时治疗。以免错过治疗时机。
