小孩生殖器囊肿通常是皮口或尿道外口。
包皮口囊肿在包皮交界处，治疗以手术切除为主，若包皮囊肿较大，建议进行包皮环切。若囊肿在尿道外口，建议进行囊肿剪开或剥离，创面要垫住缝合。囊肿具体病因不明，是一种良性病变，切除后没有不良的反应，术后要留置尿管预防，预防切口感染，感染会难以愈合，容易形成瘢痕。也可以选择注射治疗，生殖器部位不建议用注射治疗，防止不良反应。通常囊肿不会很大，早期可以观察，多数预后良好。
一般来说，小孩鼻囊肿根据实际情况来处理。具体分析如下：
小孩鼻囊肿有很多种类型，通常不是很大，可以先观察，然后再进行保守疗法，同时要做好鼻子内部的卫生，并定时进行检查，一般都能自己消化，但若囊肿继续扩大，或是出现了大量的破裂，则必须进行外科治疗。
家长应该让患儿注意休息，保持环境安静和室内空气新鲜，应该多吃含钙丰富的食物，如奶制品、豆类、豆制品等，适当运动。
粘液腺囊肿主要是由于导管阻塞而形成潴留性囊肿，需要及时的去正规的医院口腔科进行手术切除，然后做组织病理学检查粘液腺囊肿是不会自愈的。建议平时养成良好的饮食卫生习惯，多吃蔬菜水果，补充维生素，提高免疫力，可以减少口腔内感染的发生。
鼻囊肿，大多是炎症引起的。由于鼻腔部位的炎症的慢性刺激，所以导致囊肿的发生。如果囊肿体积不大，可以考虑口服消炎药。反之，如果囊肿体积大，也只好考虑进行手术切除了。
下嘴唇上长了小囊肿可以药物治疗。考虑是囊肿或者赘生物疾病引起的，如果没有炎症的话多不会出现异常症状，比如红肿，疼痛等。如果体积小的话可以暂时观察，注意好局部卫生，少吃辛辣刺激食物，体积大则可以选择手术治疗。
黏液囊肿不会自愈。通过手术切除，效果较好。手术时采用局麻方式，切除囊肿及与其相连的黏液腺体。但由于切口周围黏液腺体非常丰富，手术本身有可能损伤到腺体组织，受损伤的腺体组织有可能又演变出新的囊肿，因而本病有可能复发或再发。
