腘窝囊肿跟过度劳累或局部肌腱肌肉等软组织炎症有关，中医方面用中医辨证论治，对证治疗，如用活血化瘀，健脾利湿，消肿止痛的方药，外用舒筋活血的药物外敷会有所好转。
腘窝囊肿不断增大，从而可以影响到膝关节的伸屈活动，尤其是可以明显的影响到膝关节的屈曲活动。另外，也可以造成对周围重要的血管神经的压迫，从而引起下肢的缺血症状。
平时注意减少腘窝的活动，尽量减少膝关节处的刺激，爬楼梯或者长时间蹲的姿势尽量避免对于小的囊肿，无症状时不需要做任何治疗，但要定期复查，观察囊肿是否继续增大。严重的囊肿可考虑手术。
对于病人出现腘窝囊肿的情况，如果是发生于生长发育期的青少年，多是由于先天性发育导致的，特别是有先天性腘窝内部的腱性滑膜发育异常，就会引起滑膜内部异常的液体分泌增多，导致腘窝囊肿的出现。
腘窝囊肿如果较小，并且无明显症状，可以暂时不用任何治疗，继续观察就行，期间注意避免膝关节过度伸屈，以免使囊肿体积变大。如果腘窝囊肿体积较大，影响到膝关节屈曲，或者压迫到局部神经血管，出现小腿的缺血症状或者小腿神经症状，如麻木、放射性疼痛等，则需要手术切除。
