巧克力囊肿可以服用中医调理，然后配合针灸治疗，常取气海、关元、三阴交、阴陵泉、足三里、血海等穴治疗，一般体质可用电针，严重虚寒体质可用针上灸艾粒治疗，治疗时间以月经前即月经来前几天为主，有需要月经后也可以加强针灸。
主要靠病史、症状和体征。常见的检查有：妇检、超声诊断、MRI、CT、腹腔镜及实验室检查。痛经的症状明显减轻，无阴道出血现象，无下体疼痛现象，这些都可以判断巧克力囊肿是否治好。
痛经为主要症状，为继发性且逐年加重，月经过多，月经血量多，也是临床常见症状之一，一般月经周期规律表现为经血过多或带经日久。性交痛：子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症均可发生性交痛，而且常于月经前较为明显。不孕。
跟肥胖，压力大，休息不好，内分泌紊乱等方面有关，有性激素水平异常，排卵障碍，月经紊乱等症状表现。女性月经期一定要杜绝性生活。要注意自身保暖，避免感寒着凉。月经期间，禁止一切激烈体育运动及重体力劳动。随时调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常。要去正规医院进行治疗，不要耽误治疗时期。
巧克力囊肿病人在日常生活中需要注意的事项有很多，首先就是在饮食上要合理膳食，少吃一些偏寒性的食物，其次每天要早睡早起，保证充足的睡眠，坚持锻炼身体，增强抵抗力和免疫能力，最后就是要选择合理的避孕方式，尽量少吃或不吃避孕药。
加强营养，多吃优质蛋白、低脂饮食，少吃辛辣刺激的，适当吃一些滋补肝肾、活血通脉的食品，如黑大豆，黑芝麻，核桃，黑米，豆制品，乌鸡炖汤，黑木耳，海带等，多补充维生素，忌饮酒，忌喝碳酸饮料等。
