对于甲状舌管囊肿或瘘管，外科手术完全清除是治疗的首要措施，因为囊肿和瘘管与舌骨之间的联系紧密，因此，为了避免再次发生。
建议患者在囊肿发生癌并合并颈部淋巴结，则需要进行颈部淋巴结清扫。手术后出现的病变为乳头状或滤泡状癌时，可应用甲状腺激素抑制剂。如果是鳞状上皮细胞癌，应在手术后进行放疗，避免病情反复。
宫颈囊肿是宫颈腺体内的分泌物被新生鳞状上皮过度增生阻塞宫颈腺管形成囊性肿物，如果宫颈囊肿是良性的，不会发生病变。如果患者长期不治疗，可能会对宫颈组织造成一定的损伤，建议定期到医院复查。如果患者的宫颈囊肿超过5厘米，出现白带增多、性交疼痛等症状，患者应及时手术治疗。患者平时注意阴部卫生，避免着凉，饮食清淡，不吃辛辣刺激性食物，多运动，每年做一次宫颈癌筛查。
对于患有舌粘液囊肿(即舌下囊肿)的治疗，需要内部治疗和外部治疗。可以考虑使用中药来完成疾病的控制和治疗。目前，我国已有成功的病例，可以放心使用。一些处方与一些中药方法结合使用一般可以很快消除。
囊肿可以发生在任何部位，一般里面都是液体，包裹在一层膜内，就像一个皮囊。一般不会有严重的后遗症。现在对会厌囊肿可以通过喉镜直接手术，只要彻底剥离囊壁，治疗效果很好。囊肿癌变的可能较小，但手术切除后必须做病理切片确诊。
会厌囊肿有可能会自己消失的。这种疾病往往是在体检的时候偶然发现的。一般不会有任何的症状，所以不需要特殊治疗，平时不要吃过硬的食物，不要吃过热的食物，注意保暖，避免感冒，尽量不要抽烟饮酒就可以。
会厌囊肿是耳鼻喉科最常见的一种疾病，如果是出现相应症状就需要治疗。治疗主要是通过手术治疗，药物治疗是没有效果的，手术是可以通过支撑喉镜下行等离子会厌囊肿切除术或者通过二氧化碳激光手术。
