结石在肾盂肾盏中，这时产生疼痛的部位就是在肾脏中。结石的部位在输尿管中，如果卡压在输尿管的情况下，就会引起腰部中段的疼痛。结石在膀胱内，一般是不会引起疼痛的状况。
可以应用止痛解惊的药物，疼痛产生主要是由于泌尿结石造成梗阻，造成输尿管的梗阻，梗阻形成产生疼痛。需要解除梗阻，可以通过体外碎石、切割弹道碎石，以及钬激光、绿激光等手术的方法。
尿结石疼痛的缓解可以采取抗炎、解痉、止痛、手术和碱化尿液等。尿结石疼痛有相当一部分原因是由感染引起，这时可以取尿液做中段尿液培养加药敏试验以及尿液分析。如果尿液分析提示有白细胞或者细菌，则提示存在细菌感染，一般可以根据药敏结果使用相应的抗生素治疗。如果是结石引发的严重梗阻，则需要行手术治疗。
尿路结石根据结石的位置不同，引起疼痛的部位也不相同，肾脏结石会引起腰痛疼痛的部位主要是在肾区，如果是上段输尿管的结石引起的疼痛，主要表现为肾绞痛疼痛的部位也主要表现在肾区，对于中下段输尿管结石引起的疼痛，主要表现为腰腹部疼痛，疼痛会向会阴部或者龟头的部位放射。
对于结石病的疼痛主要有两个处理方法。一种是单纯的止痛药，就是将痛觉抑制，但这不是主要的手法。另一种方法是解痉，将管腔的痉挛收缩解除，输尿管管腔松弛了，就可以让石头容易通过。这样的方式解决疼痛才是比较有效。
肾结石将输尿管堵塞，使输尿管堵塞，肾盂内的尿液不能够及时排出，是引起肾积水的主要原因。肾结石患者肾积水，当结石排出以后肾盂内蓄积的尿液排出，积水都会随之消失。大多数的在结石排出以后的3~7天以内，积水完全消失而恢复正常。
