应根据年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求等加以选择，强调个体化治疗。症状轻或无症状的轻微病变选用期待治疗；症状及病变均严重的无生育要求可行性手术。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。
导致巧克力囊肿最严重的原因有：一，生理原因：女性的子宫内膜在正常的情况下面是在宫腔之中生长的，生理期的到来，其会剥落之后重新开始增厚生长。随着长在卵巢位置的内膜不断增厚，淤积的内膜会越来越多，使得卵巢的位置出现了囊肿。内分泌因素：卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要器官，多发生于内分泌旺盛的生育年龄。例假就没了，造成垃圾排不出来，在卵巢里形成了囊肿。
巧克力囊肿又叫“卵巢子宫内膜异位症”，这是子宫内膜“跑”到了卵巢组织内部，并和子宫同步出现周期性出血，这些陈旧血液，日积月累变成了巧克力样的颜色，故叫巧克力囊肿。形成巧克力囊肿时间是比较久的。调整好自己的心态。有些时候，心理上的压力会导致月经异常。精神上受挫折、压力大等负面情绪，均会造成月经异常，所以女性朋友必需调整好自己的心态，保持良好的心态非常必要。
正常卵巢囊肿不治疗，自己好的可能性很小，特别是年轻女性激素活动频繁，更降低囊肿的自愈几率。如果不治疗可能会变大，卵巢囊肿万一变大，就可能使下腹或背部隐隐作痛或感到肿胀。
巧克力囊肿会对孕育产生很大的影响，要到医院进行检查和治疗。子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿。这种症状是要进行治疗的。
