输尿管结石微创手术方法包括输尿管镜和经皮肾镜手术。输尿管镜手术，通过输尿管软镜技术将输尿管或肾中结石取出，不适用于较大的结石；经皮肾镜手术，从腰上肾的部位打一个小孔，直到结石部位，通过特殊的器械和方法，把结石打碎，从小孔取出。体外冲击波碎石，又称微波碎石或震波碎石，是较常用的方法，具有花费小、损伤小、恢复快和费用低等优点。
通常在7天-10天会拔管，输尿管内也会放一个双接管，需要病患出院带回家，在手术后一个月，再到医院进行拔除。体内有双接管要少活动、勤排尿，避免双接管摩擦膀胱内壁引起疼痛和血尿。
输尿管结石手术，常见的就是输尿管镜钬激光碎石、输尿管切开取石、腹腔镜切开取石以及经皮肾镜手术碎石取石，这些手术都需要麻醉，手术后都需要留置DJ管在输尿管内支撑，所以这些手术后患者不能有效的排尿，所以必须要留置尿管。
如果是输尿管下段的结石，体积小于1cm以下，一次体外冲击波碎石以后，大约3-5天左右结石就可排出，最长不超过1周。但是输尿管上段的结石，可能需要5-7天左右，最长可延长至10天左右才可排出。
尿道结石术后一般是2~3天左右就开始拔尿管，但是在拔完尿管之后还是需要多观察，看看有没有炎症或者是并发症之类的情况出现。在刚拔除尿管的时候会觉得有些疼痛，主要是因为在插尿管期间，尿道没有刺激性，所以才会出现疼痛感觉。
输尿管结石，得依据结石大小，如果达到一厘米以上容易发生输尿管阻塞，如果位置合适，不会影响肾脏，可以考虑做体外碎石治疗的。结石偏大，有时导致结石碎不掉，或者是碎掉以后，残渣直径还大，不能排出输尿管，还得需要再次碎石。
