卵巢囊肿根据大小、位置、性质不同，治疗方法不同。一般以手术治疗为主，要看是否恶性，囊肿的部位，体积，大小和生长速度。如畸胎瘤，B超、平片检查可发现牙齿、骨头等特殊结构，肿瘤超过3-4cm需要进行手术处理。其它囊肿、肿瘤并无此典型表现。
卵巢囊肿的消除应该视病情而定，小于五厘米又没有查到明显的肿瘤指证的病人，多为功能性囊肿，可以密切观察，2至3个月检查一次，视病情情况采用药物治疗，中药西药都有比较明显的疗效，肿囊肿直径大于五厘米，则多为卵巢肿瘤，对此应该采用手术治疗，卵巢囊肿的危害相对比较大，因此必须认真对待，积极治疗，可以到正规医院诊治。
卵巢囊肿的大小，可以通过自己躺在床上，平躺着然后按压小肚子两侧卵巢的位置，看看是否能够摸到肿块，这也是检查的办法之一，不过这种检查不是很准确。检查方式还是通过B超检查，能够测出囊肿的大小，也能预估生长的速度，判断也更为准确。
卵巢切除手术，这应该是可以治疗好的，手术是彻底治疗卵巢囊肿的方法，药物治疗一般只有控制才能彻底治疗。大多数人不会复发，当然也有少数人会复发，所以术后定期检查，注意休息，保持好心情。
女性体内激素水平紊乱，或者妇科炎症都可能造成卵巢囊肿.
首先需要知道所患的卵巢囊肿是生理性卵巢囊肿，还是病理性卵巢囊肿。生理性卵巢囊肿是由于在排卵期后，由黄体期所形成的囊肿，一般是小于5厘米。在黄体期结束之后，激素水平下降，就会自动消失的，并不需特殊处理。而由于炎症导致，以及内分泌紊乱或者遗传因素所导致，还有子宫内膜异位症所导致的卵巢巧克力囊肿等，就需要根据病情来进行治疗。
