通常对于囊肿的治疗来说，首先要彻底分清区分囊肿是属于良性还是恶性的。如果囊肿是良性的，没有必要担心了，可以通过口服一些中药进行保守治疗慢慢调养。但如果囊肿是恶性的话建议要尽早采用手术的治疗方式进行治疗，如果手术治疗方式效果不佳的话，还可以再生全身化疗的方式，这些方法就可以彻底治疗囊肿。如肾脏囊肿，若是4cm以上的肾脏囊肿，可以通过腹腔镜手术就可以治疗；4cm以下的肾脏囊肿，也可以通过B超定位下穿刺进行治疗。
眉毛中出现的囊肿通常是良性的。如果出现时间较短且囊肿较小，则可以继续观察而无需特殊干预。如果囊肿很大或在短时间内增加，则需要除去治疗。对于可以治疗的囊肿没有特定的药物。眉毛的面积对脸部是有害的，因此它不会太大而不能早期移除。
这段时间饮食需要清淡，不能吃辛辣刺激性的食物，需要多吃新鲜蔬菜和水果，避免干燥。有囊肿肛瘘是需要通过手术来治疗的，用药是没有什么效果的，因为本身已经肛瘘里面都是脓了，必须切开，排出来之后才能完全治好的，所以现在需要去医院检查。
眼底囊肿应该注意休息，保持心情愉悦，注意用眼，特别是手机，电脑，一定要控制，多看远处，绿色的植物。多运动，比如跑步，多吃降火的食物，比如绿豆汤，去正规医院的眼科检查一下。
肝囊肿是常见的肝脏良性病变，对于小的囊肿，如果是没有不舒服的感觉，是不需要治疗的，定期复查就可以，但是如果是囊肿较大的话，出现压迫或者感染症状的，是需要积极的治疗的，治疗的方法有囊肿穿刺抽液术、囊肿开创术、囊肿引流术，或囊肿切除术等。
