预防巧克力囊肿要注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常。平时要注意自身保暖，避免感寒着凉。月经期间，禁止做一些剧烈的体育运动及重体力劳动。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症引起的卵巢囊肿，是妇科病，需要挂妇科号就诊的。巧克力囊肿如果超过五厘米以上，是需要考虑手术的，可以在月经干净后去医院B超检查，了解囊肿的大小，结合月经情况，有无怀孕打算来决定治疗方法。
巧克力囊肿可以吃核桃，饮食宜清淡，并注重营养均衡，少吃过热性的食物，纠正偏食及不正常的饮食习惯，不宜常食刺激性、海产品等。应该常吃牛奶、菠菜、白菜、油菜、香菇、瘦肉、鸡蛋、鲫鱼、苹果、鸭梨、大枣、花生、黑米等。核桃火气大，含油脂多，吃多了会令人上火和恶心。
巧克力囊肿的症状常见的有痛经、下腹痛、经期发热等多种，作为子宫内膜异位症的一种，巧克力囊肿除了含有子宫内膜异位症的症状外，还具有自己特定的症状。子宫侧后方可触及活动差的包块，提示合并有卵巢巧克力囊肿，应引起注意。
病史重点询问月经史、孕产史、家族史及手术史。特别注意疼痛或痛经的发生发展与月经和剖宫产、人流术、输卵管通液术等手术的关系。腹腔镜检查主要是在腹腔镜的辅助下对盆腔进行窥视，能够精确的找到子宫内膜异位的位置以及病因，并且对其进行精确的诊断。
导致巧克力囊肿最严重的原因有：一，生理原因：女性的子宫内膜在正常的情况下面是在宫腔之中生长的，生理期的到来，其会剥落之后重新开始增厚生长。随着长在卵巢位置的内膜不断增厚，淤积的内膜会越来越多，使得卵巢的位置出现了囊肿。内分泌因素：卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要器官，多发生于内分泌旺盛的生育年龄。例假就没了，造成垃圾排不出来，在卵巢里形成了囊肿。
