治疗巧克力囊肿不一定要切除卵巢，需要根据病人的具体情况来定。巧克力囊肿是女性患有子宫内膜异位症的一种病变，巧克力囊肿的发生主要是由于女性在月经期间出现子宫壁脱落出子宫内膜碎片引起引流不畅，导致经血不能完全从阴道排出，有少量的经血经过输卵管向盆腔倒流，从而发生血瘀，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿。
巧克力囊肿不动手术可能会不断的增大。囊肿属于良性病变，对身体没有很大的影响，可以不做治疗或用中药调理，一般也没有什么特效药，有必要时可以再做手术切除。平时要多休息。
如果是怀孕后发现巧克力囊肿，一般是没有关系的，只要囊肿体积不是很大可以等生育的时候一起治疗的。建议不用担心，一般是不会对怀孕的胎儿有很大的影响的。如果囊肿在短期内增长速度较快，建议手术治疗。
如果已经怀孕了，密切关注孕酮变化及巧囊大小变化；妊娠也是对巧囊的一种治疗和控制。巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗包括：假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，停药后，即复发，故对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
如果囊肿比卵巢长，应在怀孕前治疗，以便怀孕生子。们可以先用药物来治疗。如果效果不明显，或反复疼痛，有必要选择手术治疗方法，传统手术或微创手术治疗这种疾病。有复发倾向，选择正规高新技术专科医院可以签约治疗，在医生的指导下对症的治疗。
巧克力囊肿主要是因为子宫内膜异位症引起的，如果卵巢内有巧克力囊肿，而且囊肿比较大，是可以考虑手术治疗的。做巧克力囊肿的切除手术再月经干净以后，选择比较正规的医院，做巧克力囊肿的切除手术，手术以后也需要定期复查。
