要常吃碱性食物以防止酸性废物的累积，因为酸化的体液环境，是正常细胞癌变的肥沃土壤，调整体液酸碱平衡，是预防肿瘤的有效途径。养成良好的生活习惯，不吸烟，不饮酒。不要过多地吃咸而辣的食物，不吃过热，过冷，过期及变质的食物。
注意多吃些蔬菜水果，不要吃垃圾食品，不要吃非季节性蔬菜水果，不要吃含有激素的食物。精神放松，保持心情舒畅，保持阴部清洁卫生。可以吃蔬菜、蛋类、瘦肉、稀饭、面条、馒头、米饭等食物。
女性由于巧克力囊肿而行腹腔镜手术，那在手术后6小时内要暂时禁食。而在6小时以上就可以进食少量流质食物，这时可以吃小米粥、米汤或者是蔬菜汤等到肠道排气以后，就可以适当进食半流质食物，同时要吃水果和新鲜的蔬菜，比如苹果、香蕉、白菜等。等到大便排出以后就可以正常进食，这时就需要吃高蛋白食物比较好，因为可以促进身体的恢复，比如多喝鲫鱼汤、排骨汤、猪蹄汤等。
要荤素搭配，饮食多样化。多吃新鲜的蔬菜和水果忌辛辣刺激性的食物。定期复查，做到有情况早发现。不使用蜂蜜及花粉等。平时加强体育锻炼，生活有规律。避免高度紧张及精神刺激，保持乐观情绪及充足睡眠。
巧克力囊肿是子宫内膜异位的一种，所以尽量多吃蔬菜水果，杂粮，有营养的食物，少吃海鲜，活血的营养品，经期不要吃寒凉食物，保持愉快的心情，充足的睡眠，还有要腹部保暖。
药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术，内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。不过，经保守性手术后仍有可能复发，适宜食物：牛奶、菠菜、白菜、油菜、香菇、瘦肉、鸡蛋、鲫鱼、苹果、鸭梨、大枣、花生、黑米等。
