不会影响的。巧克力囊肿是卵巢的子宫内膜异位症囊肿。每个月，随着月经来潮出血，子宫内膜出血，在卵巢内部形成巧克力液体，每个月随着月经来潮增大，为了防止破裂必须手术剥离囊肿穿刺。但是手术也不能治疗好。只要月经正常，卵巢功能正常，就会复发。
卵巢囊肿穿刺检查治疗本身对于妊娠是没有什么影响的，但卵巢本身可能会引起出现排卵异常和导致不孕的情况。卵巢囊肿的治疗原则在意一旦发现要及时给予手术治疗。仅仅是比较小的卵巢囊肿对于妊娠是没有什么影响的，穿刺后是不会影响怀孕的，所以在穿刺后是可以生小孩的。
可服用中药舒肝理气调理看看的，增加保健，保持睡眠的充足和营养的均衡，多运动，但不要做剧烈运动。多喝水，还要多吃青菜，苹果之类的，少吃辛辣刺激性的食物。放轻松心态，不要有精神压力。
一般的水果都可以吃的。食物还是应该吃蛋白含量高一些的。平时注意休息，不要过度劳累，不要熬夜，不要吃生冷辛辣的食物。术后应该注意的事项有，平时的卫生习惯一定要注意，不要阴道冲洗。
巧克力囊肿的治疗方式是手术治疗，除了手术治疗外，还可以中药治疗，巧可力囊肿就是例假未流净残流物，时间长久堆积而形成的。平时多喝水，补充维生素，多食些新鲜的蔬菜水果，控制情绪，不要熬夜。
闭经后囊肿可以缩小，但不会好，停药后又会生长。一般巧克力囊肿和来月经就有一定的关系等不来月经的巧克力囊肿慢慢会萎缩的。及时进一步检查确诊是否有可能是妇科恶性疾病的情况以便及时做出正确的处理方案。
