阴囊扁平疣一般能自愈。
这种病是一种具有自我修复能力的病毒性疾病。如果具有较高的免疫力，且病毒数目较少或毒性较弱，则有一定的自愈率。但也有复发的可能，在经过一些特殊的治疗后，病人的免疫力会降低，病毒的数量会增加，毒性也会增加，所以复发的几率很大。
阴囊扁平疣属于病毒感染，如果是在发育阶段，一不小心就会出现更多的情况，一开始是一两个，然后是整张脸，再是手背、手臂，乃至整个身体。
阴囊扁平疣是不会传染的。阴囊扁平疣是可以进行性行为的，没有影响，是属于自身免疫性疾病，如果想治疗，也可以采取激光，或者是液化氮冷冻治疗。或者是采取皮下埋植，产生自身抗体。
扁平疣、寻常疣都是一个病毒引起的，具体内容如下：
人乳头瘤病毒感染会导致扁平疣、寻常疣。扁平疣主要发生在青少年，是一种突发性的疾病，症状为扁平的、凸起的丘疹，从米粒大到绿豆大，表面平滑，可以是淡棕色或者是正常的皮肤颜色，多见于手背、前臂、面部等部位。寻常疣最初是针尖大小的丘疹，逐渐扩展至豌豆大小，表面粗糙，角化明显，明显高于皮肤表面，颜色为暗棕色。
一般来讲，眼睛下面有扁平疣可以通过激光治疗的方法来改善。
如果是眼睛下方的扁平疣，可以进行激光治疗，但这种部位不宜进行冷冻治疗，以免冻伤眼结膜和角膜。激光治疗扁平疣的作用是通过烧灼去扁平疣，使疣体组织坏死脱落。扁平疣一般不大，也不会引起不适，等扁平疣自行脱落后会自行愈合。当然，也可以选择激光进行治疗，以免长时间影响美观。
一般情况下，眼睛下面长了扁平疣可以在医生指导下使用药物、采取物理治疗等方法进行改善，具体内容如下：
眼睛下方的扁平疣可以用来进行治疗，就像脸部的任何一种扁平疣，可以用0.025的维甲酸乳，也可以用干扰素a-2b，也可以用米奎莫特软膏。对于眼部以下的扁平疣，最好不要采用激光、冷冻等方法进行治疗，以免留下疤痕。如果不能达到预期的治疗，可以通过肌注卡介菌多糖核酸等来改善免疫力，也可以服用一些异维a酸类的药物。
可以说是在一个地方，解剖学的知识来看，这两者都算属于会阴区的部位，阴囊是包裹睾丸的一层保护膜，阴囊为睾丸提供了一个稳定的环境，有利于精子的储存和发育，到逐渐成熟。平时饮食清淡为主，三餐也要注意规律，多吃些水果补充维生素，有助于恢复。
