巧克力囊肿可采用中医中药调理治疗，具有清热去湿，活血化瘀，养血补气的功效。腹腔镜手术治疗，应为内异症的首选治疗方法。症状及病变均严重的无生育要求的可行此手术。也可以吃一些西药。
卵巢巧克力囊肿是一种疾病，具体分析如下：
卵巢巧克力囊肿是因为子宫内膜异位在卵巢深处，经血无法及时排出，从而滞留在卵巢中，形成了一个囊肿，这种囊肿一般都是巧克力糊状，也就是所谓的卵巢巧克力囊肿。卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位所致，会出现痛经、月经紊乱等情况，甚至会出现不孕的情况。卵巢巧克力囊肿的治疗方法有两种，一是保守治疗，二是手术，如果病情不是特别严重，可以口服激素类药物。
巧克力囊肿的形成，通常选择是微创术后喝蜂蜜和豆浆完全可以没有影响，但是要注意适量，尤其是蜂蜜容易引起肠蠕动增加，术后一个月以后再喝。注意休息，不要过劳，适当增加营养，注意刀口卫生，不要感染。应食用易于消化的食物。瘦肉，鲜鱼汤，奶制品，海鲜等。
巧克力囊肿引起管腔闭塞、囊肿或粘连，均会妨碍精子、卵子或受精卵的运行，致使受精卵到达宫腔产生障碍而发生宫外孕。病人宫外孕时引起的输卵管破裂大出血，可危及生命。去专业正规的医院进行检查和治疗。一般饮食应以清淡食物为主，多食有营养的食物，如鸡蛋、豆腐、瘦肉等。忌食生、冷和刺激性的食物。
巧克力卵巢囊肿一般指子宫内膜异位囊肿。通常情况下，子宫内膜异位囊肿目前为止病因还不清楚。子宫内膜异位囊肿是指卵巢内的异位子宫内膜组织周期性反复出血，形成被卵巢实质包裹的血肿，当具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢局部的时候，随着每次来月经异位症的病灶，在卵巢内也会出现出血的现象，患者可以通过囊肿剔除术、囊肿穿刺术、卵巢切除术等方式进行治疗。
腹部手术后不同程度都有粘连，饮食清淡低盐易消化，避免难以消化的食物及刺激性食物饮料等，避免暴饮暴食。要加强营养，注意禁止辛辣的情况，配合多食新鲜的水果蔬菜较好，观察平时的月经情况是否正常，同时建议定期配合复查彩超情况较好的，注意休息。