复发几率不大。巧克力囊肿术后人的对侧卵巢或同侧卵巢可能有新的病灶，医生又要开始重新用药，甚至有可能要面临再次手术。如果这种病人做过2-3次的手术以后，卵巢体积就会缩小，也就预示着卵巢功能会下降，将来有可能面临早绝经，或者卵巢的抗缪勒氏管激素会下降，卵巢的储备功能下降。
短期内可出现腹胀、腹部肿块、腹水等恶性巧克力囊肿，腰里疼痛或下肢疼痛的症状，肿瘤浸润或压迫周围组织。如果盆腔静脉压缩，平时要注意经期避免剧烈的活动，注意自身保暖，避免感寒着凉。防止复发。
巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。
巧克力囊肿的护理要保证充分的睡眠：每天早起早睡，可以使皮肤变得更好，而且卵巢也会更健康。还可以适量喝些红酒：红酒可以促进卵巢活性，从而提高卵子的质量。多吃一些一些豆腐豆浆及豆制品，因为里面含有大量的植物蛋白，可以让卵巢更结实，卵子更健康。
巧克克力囊肿也叫子宫内膜异位症，约30-70%子宫内膜异位病人伴有不孕症。医生开的药主要是抑制激素分泌，从而抑制囊肿的生长。巧克力囊肿治疗之后又很容易复发，因此做完手术后能马上怀孕经较好，因为手术后，人体会恢复排卵，发挥内分泌功能。
手术并不能完全去除所有病灶，有些微小的是看不到的，所以确实具有复发的风险，巧克力囊肿实质上是一种子宫内膜异位症，药物治疗效果欠佳，对于生育需求的病人还是首选有实力有经验的大医院微创手术治疗。
