小儿凌晨咳嗽具体处理方式要看导致咳嗽的原因。
小儿咳嗽是很常见的，有的咳嗽时间段明显，有不分时间段，一天中任何时间段都可能咳嗽。若小儿凌晨咳嗽是喝水呛入气管导致的，轻拍背部咳嗽会慢慢缓解。若是房间空气过度干燥，给孩子适当喝点温开水咳嗽的症状也会缓解。另外常见的是呼吸道感染，加上夜间是小儿肺排毒时间，此时分泌物就会增加，针对这类咳嗽症状加重要进行适当的抗感染、止咳、化痰等治疗。
凌晨咳嗽有可能是由冷气刺激造成。如果是因为感冒引起的咳嗽，那么早晨起床后就会有冷空气进入气道或者是喉咙引起。最常见的是老慢支，也就是老人的支气管炎。其特征就是半夜咳嗽，因为慢性支气管炎一夜没睡，气道里面就会出现炎症，会分泌出分泌物。这种分泌物在半夜最多，而且还会有很多的唾液，在这种情况下，会引起更大的咳嗽。还有就是是支气管哮喘，咳嗽变异性哮喘的特征就是清晨咳嗽，这是由于清晨迷走神经的张力增加，导致气道收缩，导致咳嗽。
干咳最先考虑的是支原体引起的肺炎，属于间质性肺炎，支原体是介于细菌和病毒之间的病原体，治疗比较困难，加上又是间质性肺炎所以吃药之后，真正达到作用部位的药量比较少。
凌晨出现咳嗽的情状，很有可能是哮喘引起的，也就是咳嗽变异性哮喘，往往是由于气道高反应造成的。在夜间的时候，人体迷走神经容易发生兴奋的现象，导致支气管平滑肌痉挛，从而出现支气管收缩，容易诱发咳嗽的出现。
这种是不确定的，咳嗽可能还与肺和支气管炎症等有关系，当然肺癌最主要的表现也是咳嗽，但是与肺炎的咳嗽不一样，肺炎经过治疗之后，一般咳嗽会好转，但是肺癌就不一定，有可能有顽固性的。
