它们的主要区别是生长的部位和症状是不一样的。痔疮一般的是生长在直肠管内，一旦发作可以使用相关药膏，进行外塞能够好转。而肛门脓肿一般生长在肛门的周围，可以用手摸到有硬肿块，外用药物没有效果。治疗上，肛门周围脓肿，首先选择脓肿切开引流手术。痔疮应该尽可能给予保守治疗，症状反复发作或者影响生活的3、4期痔疮才考虑手术治疗。
痔疮手术一般不会导致肛门狭窄。因为痔疮的手术仅仅涉及肛门皮肤和黏膜层的处理，不涉及到肛门的肌肉。正规的痔疮手术操作不会对肛门括约肌有损伤。临床上经常看到因为做了痔疮手术，而肛门出现狭窄症状的病人就诊，这种狭窄的原因一般是切口设计不符合规范，肛门损伤过多。
肛门脓肿属于肛门直肠部位的感染化脓性疾病，而痔疮是肛门直肠部位的静脉团块样肿物，两者属于不同疾病，不存在因果关系，但两者可以同时发病。肛周脓肿建议采用抗炎治疗+手术治疗的方法。痔疮大多经过保守的外用药物治疗可以缓解，严重的才考虑手术治疗。
肛周脓肿是指，发生于肛门、直肠周围的急性感染性疾病。局部表现为红肿、疼痛，体温升高以及脓腔形成，进行检查时可以发现局部波动感，感染严重时甚至可以有全身的畏冷、发热症状。痔疮是指由于肛垫下移及静脉丛发生团块状曲张，而引起的直肠及肛门周围良性病变，临床上主要表现为肛门直肠肿块，便血，如果有血栓形成时，也可以出现疼痛症状。
肛门血栓与痔疮的区别在于：痔疮是曲张的静脉，痔静脉淤积、充血导致的。如果淤积时间比较长，会形成血栓，质地比较硬。血栓与痔疮的区别主要在于肛门血栓比较疼痛，而痔疮大多没有症状。
