中医治疗肾结石和输尿管结石效果不好，肾结石的形成是由于尿中晶体物质浓度升高，析出结晶并在局部生长、聚集的结果，结石活动会出现疼痛和血尿，中医中药有促进结石排出作用，常用于辅助治疗。
一般情况下，肾结石合并肾萎缩比较严重。具体情况分析如下：
萎缩侧肾功能一般不会影响正常生活。肾结石合并肾萎缩的情况比较少见，主要是由于长期结石梗阻导致肾脏严重积水，肾脏皮质菲薄，解除梗阻后肾脏积水排出，肾脏体积会变小，出现这种情况是无法改变的，肾脏功能受损是不可逆的。注意保护对侧肾脏功能，定期进行泌尿系彩超、肾功能检查，及时发现新情况及时处理，以免损伤健侧肾脏功能。
孕期输尿管结石可以通过使用药物、一般治疗等方法进行处理。
输尿管结石一般是肾结石在排出过程中，暂时受阻在输尿管的狭窄处导致的，通常伴有明显的症状，如肾绞痛、血尿等，如果疼痛剧烈，需要进行解痉止痛，可以使用药物治疗，比如净石灵胶囊、肾石通颗粒等；如果结石不能够自行排出体外，建议去医院检查，然后在医生的指导下进行手术，帮助结石排出体外。
通常情况下，肾结石如果治疗不及时不彻底会引起肾萎缩。
肾结石假如医治不立即完全，不消除对肾脏的进行性损害，就会造成肾脏萎缩状况。大部分结石患者可以根据系统正规的检查治疗，但一部分患者并没有显著的临床表现，或者没有发现结石，或是发觉肾结石后没完成相对应的医治。肾结石进行性的发展可引起肾脏的积水。伴随肾脏萎缩、肾功能阻碍、比较严重的患者会造成肾功能缺失。
可以考虑行冲击波体外碎石术，也可以考虑行输尿管镜腔内碎石术，这种微创手术方式来解除泌尿系结石的症状。患有输尿管结石，可能会引起剧烈的腰腹部疼痛以及恶心、呕吐等消化系统症状。
