巧克力囊肿的复发率也是很高的，甚至更高。这主要是因为巧克力囊肿会造成囊肿壁与子宫组织发横粘连，手术很难将囊肿完整切除，在切除过程中多数会造成囊肿破裂，引起复发。吃药期间可以抑制囊肿不增长，但是巧克力囊肿的囊液根本不会因为吃药而消失。囊肿长大到一定程度由于囊内张力增高会导致自行破裂，可能由原来的一个囊肿发展成为两个甚至多个，由只是单侧囊肿发展变成双侧都有，所以要及早选择合理方法。
巧克力囊肿是需要做手术切除的。当然每个人的病情不同，囊肿的大小和性质也不同。需要在专业的医院做全面的检查之后，医生会根据病情制定全面的合适的手术方案，另外，手术以后，也是要服用一些药物进行辅助恢复的。
巧克力囊肿比较大，破裂，或有不舒服的症状，需要手术治疗。手术方法有两种，一种是开腹手术，一种是腹腔镜手术。建议情遵照医嘱治疗，术后少吃辛辣油腻生冷刺激的食物，避免受凉，避免熬夜，定期复查。
手术并不能完全去除所有病灶，有些微小的是看不到的，所以确实具有复发的风险，巧克力囊肿实质上是一种子宫内膜异位症，药物治疗效果欠佳，对于生育需求的病人还是首选有实力有经验的大医院微创手术治疗。
巧克力囊肿术后饮食护理应忌一切寒凉食品。行经前后，尤须注意进食过热的汤、菜，生冷食物均属禁忌。谷类、豆类、薯类作为主食，均可食用，无需避免，肥厚油腻，易于滞瘀，少食为好，巧克力囊肿术后饮食清淡疏利之品较为适宜，干果不忌，可随时食用。
术后要注意休息，加强营养，多吃富含蛋白质和维生素丰富的食物，有利于身体的恢复和伤口的愈合，少吃生冷，寒凉，辛辣有刺激性的食物。术后定期复查。平时要注意休息，多喝热水。
