避免人工流产，经期避免剧烈的活动，口服避孕药。注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常，要注意自身保暖，避免感寒着凉，月经期间，禁止一切剧烈体育运动及重体力劳动。
手术治疗，手术后再辅助用药防止巧克力囊肿的复发，如果巧克力囊肿体积比较大，手术治疗是比较好的，如果巧克力囊肿体积比较小，可以暂时不做特殊处理，但是需要定期复查。
行经前后，尤须注意进食过热的汤、菜，生冷食物均属禁忌。谷类、薯类作为主食，均可食用，无需避免。肥厚油腻，易于滞瘀，少食为好。子宫内膜异位症病人清淡疏利之品较为适宜。干果不忌，可随时食用。养生行血，核桃温阳，大枣、桂圆益气养血，更为适用。
巧克力囊肿属于良性病变，为卵巢肿瘤，虽然良性但存在恶变及转移可能。平时注意月经期卫生，禁止月经期性生活防止经血倒流利于减少巧克力囊肿发生。治疗以手术为主，平时注意生活规律，避免劳累和受凉。
采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，对于小于8cm的巧克力囊肿可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失；口服避孕药对于预防巧克力囊肿的复发有一定效果。
有痛经的症状，并且月经不调，不能排除巧克力囊肿，或者子宫腺肌症，去医院做B超检查，看是巧克力囊肿还是子宫腺肌症，如果是巧克力囊肿，做一个可视针吸治疗，把巧克力液抽出来，注入硬化剂，这样巧克力囊肿就会吸收，如果是子宫腺肌症，可以上吉妮环治疗。巧克力囊肿又叫子宫内膜异位症，就是说子宫内膜组织出现在了子宫体以外的地方了。本病的发病机制还尚不清楚。常见的症状是下腹痛、痛经、性交不适和不孕等。有些病人无症状。治疗应根据病人的年龄、症状、病变范围以及对生育要求等情况全盘考虑。