牙齿矫正的过程中有各种副作用，对口腔卫生不好，牙齿上面粘的托槽周围容易引起牙菌斑滞留，时间久了容易引起牙龈炎。需要好好刷牙，控制牙菌斑。金属托槽也容易会导致口腔粘膜的创伤性溃疡，应该注意必要时使用正畸蜡保护。牙齿矫正的过程中，为了使牙齿移动，在牙齿上面施加外力，如果力量过大会引起牙根的内外吸收。
如果牙齿出现排列不齐，一般做牙齿的矫正对身体来说是没有什么危害的。通过牙齿矫正可以矫正牙齿的咬合关系，而且是面容变得更加美丽，对身体来说也没有什么副作用。做牙齿矫正也是越早越好，一般在十二三周岁的时候就可以做牙齿矫正，可能需要一年两年的时间。
牙齿矫正会出现酸痛、肿胀、出血或者是不适的现象，这种现象是因为牙髓受到了伤害而导致的，可能会导致牙齿出现损伤，明显的松动现象，感染、牙周炎、牙龈萎缩、牙根暴露等现象。卫生习惯不好，饭后不刷牙，牙齿上残留了食物残渣发酵后产生的酸，会对牙齿产生副作用，使牙齿变黄或者是有坑洼现象。
矫正牙齿拔牙没有危害。因为部分可能因缺牙导致暂时心理缺憾，但会由于牙齿减少改善外观，所以从美观层面上并无任何危害。在治疗过程中根据个人情况，制定治疗方案，不会影响咀嚼功能。
牙齿矫正可以美观牙齿，改善牙齿参差不齐的问题，但是如果医生的操作不够规范，或者病人没有做好牙齿矫正后的护理，就会产生牙齿矫正的危害。比如牙齿变松动，对牙槽骨高度的影响。做过正畸治疗的人，牙槽骨高度都会有少量的降低。
在牙齿矫正中，认真听从医师的嘱托，在出现任何不正常的情况下及时联系医师，选择适合自己的牙齿矫正方案，不要因为麻烦或者金钱原因导致自己牙齿矫正方案的欠缺，做好口腔卫生的清洁工作。