支原体、衣原体等是轻度或中度的，自身的免疫功能是可以自行恢复的。支原体、衣原体感染、自身免疫力低下等情况，是很难治愈的。
对于支原体、衣原体的治疗，可以选择红霉素、阿奇霉素、罗红霉素等三种药物。近年来，对支原体的抗药性越来越强。抗药性高达75%，使用红霉素类的药物也不一定有效。如果治疗无效，可以选择环丙沙星、左氧氟沙星等喹诺酮类药物。另外，四环素、多西环素、米诺环素等都是四环素。
支原体衣原体感染的严重程度，取决于它所引起的何种结果。
第一，造成不适，如支原体，衣原体尿道感染等，会引起尿痛或者尿道刺痛。支原体衣原体感染前列腺，就是前列腺炎，会导致尿频，尿急等不舒服。支原体衣原体感染精囊或生殖系统，会造成受孕困难。
因此支原体衣原体的感染严没有严重，需要对病症进行鉴别。
支原体、衣原体可能会引起咳嗽。
支原体、衣原体很可能会进入气道，引起咽炎、肺炎等疾病，引起顽固性、严重的咳嗽、伴有少许粘液、乏力等症状。如果出现支原体、衣原体感染，一定要到正规的医疗机构进行治疗。
另外，生活中要注意保持房间里的环境干净，多吃一些容易消化的食物，多饮用一些白开水。
支原体和衣原体的感染不自愈。
支原体、衣原体是病原体之一，它是细菌和病毒中间的一种病原体。主要侵害人体气管黏膜，生殖器，皮肤和黏膜。当存在支原体，衣原体的感染，人体的临床表现并不一定存在，有的还是体检时发现的，需要及时治疗。
如未得到及时处理或规范处理，支原体在身体的某一个部位总是存在的，当机体抵抗力降低时，可导致临床症状出现。
如果机体受到支原体感染引发咳嗽症状，关键是要采取抗感染治疗。首选药物为阿奇霉素、罗红霉素等大环内酯类抗生素。
大环内酯类抗生素有红霉素片、乙酰螺旋霉素片、阿奇霉素片、罗红霉素片、克拉霉素片等，是临床上比较常见的抗菌药物，对革兰阳性球菌和阴性球菌、厌氧菌、军团菌、支原体等病原体均有一定的抗菌效果。
肺炎支原体衣原体可以使用抗生素。
如肺炎衣原体感染，可使用大环内酯类抗生素，例如罗红霉素和阿奇霉素，也可给予四环素类抗生素，如米诺环素。另外，还要注意患者是否合并其他疾病，例如糖尿病，同时需对症处理，如有热等情况，然后服布洛芬。
但是以上药物都需要在医生的指导下使用，以免用药不当，损害身体。