它们的主要区别是生长的部位和症状是不一样的。痔疮一般的是生长在直肠管内，一旦发作可以使用相关药膏，进行外塞能够好转。而肛门脓肿一般生长在肛门的周围，可以用手摸到有硬肿块，外用药物没有效果。治疗上，肛门周围脓肿，首先选择脓肿切开引流手术。痔疮应该尽可能给予保守治疗，症状反复发作或者影响生活的3、4期痔疮才考虑手术治疗。
肛周脓肿是刚组织的感染导致的，通常表现为肛周肿物并疼痛。有些人还伴有发烧等症状。大多数需要手术治疗。手术切开引流，肛周囊肿是发生于肛门旁边的一个囊性肿物，可以出现局部的压迫症状。
肛门脓肿属于肛门直肠部位的感染化脓性疾病，而痔疮是肛门直肠部位的静脉团块样肿物，两者属于不同疾病，不存在因果关系，但两者可以同时发病。肛周脓肿建议采用抗炎治疗+手术治疗的方法。痔疮大多经过保守的外用药物治疗可以缓解，严重的才考虑手术治疗。
肛周脓肿属于肛周急性感染性的疾病，主要的发生原因是由于肛窦的炎症反复发作所导致，病人有明显的肛周疼痛、发热、排便困难；肛周囊肿多继发于皮脂腺梗阻而导致，主要是局部的肿物，囊性病变，触痛，通常没有发热。
外伤之后导致腿摔破了，并且局部伤口有脓水流出，考虑是合并了感染，应该进行彻底的清创，应用盐水和双氧水反复冲洗创面，应用0.5%的利多卡因进行局部浸润麻醉，清除或者切除坏死、失活的组织，充分的引流。
并且需要放置引流条进行引流，包扎伤口，每日进行换药处理，当脓水减少或者没有时，创面肉芽新鲜可以不用放置引流条，隔日换药，在这期间可以口服消炎药物治疗，如果感染重，需要打点滴治疗。
肛周脓肿是指，发生于肛门、直肠周围的急性感染性疾病。局部表现为红肿、疼痛，体温升高以及脓腔形成，进行检查时可以发现局部波动感，感染严重时甚至可以有全身的畏冷、发热症状。痔疮是指由于肛垫下移及静脉丛发生团块状曲张，而引起的直肠及肛门周围良性病变，临床上主要表现为肛门直肠肿块，便血，如果有血栓形成时，也可以出现疼痛症状。