如果患有肛瘘，就需要进行手术治疗，如果不做手术，肛瘘会反复发作，容易影响肛门括约肌，导致括约肌纤维化，影响肛门功能，而且据临床报道，肛瘘有一定的几率会发生癌变。
肛瘘不能自我愈合，必须手术的方式治疗。时间长了容易癌变，没有癌变者，增加肉体和精神上的痛苦，尤其是局部皮肤瘙痒。体质下降，抗病能力下降。经常流脓血会导致贫血，患者会感到很虚弱，没力气，精神萎靡等。
肛瘘不能自我愈合，必须手术的方式治疗。时间长了容易癌变，没有癌变者，增加肉体和精神上的痛苦，尤其是局部皮肤瘙痒。体质下降，抗病能力下降。经常流脓血会导致贫血，患者会感到很虚弱，没力气，精神萎靡等。
肛瘘一般药物的治疗效果不是很好，可以手术治疗，可以去三甲以上的医院根据肛瘘的类型选择手术的方法。手术后可以口服消炎药物治疗。每天用生理盐水清洗肛门，外涂点大环内酯类消炎药膏治疗。
肛瘘多久能痊愈；手术后按时换药，平时注意卫生，勤清洗，便后清洗，一般需要2-4周可以痊愈。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。避免一直保持同样姿势，坐着工作的人每隔一小时要能走动三、四分钟。