咖啡有很好的提神和缓解情绪的好处，但过量喝咖啡会导致心悸，失眠，血压不稳定，加重心血管病人的血管进一步损伤，所以喝咖啡要适量，患有心血管疾病最好不要喝咖啡。空腹喝咖啡会刺激胃液分泌增加，加重胃溃疡的症状，损伤人体的多种器官，胃肠道粘膜，心血管系统以及影响肝的代谢，甚至导致胆囊结石和胆囊息肉等。
一般情况下，喝咖啡腹泻的原因较多，需根据具体情况进行判断，具体如下：
喝咖啡腹泻可能是因为咖啡中的茶碱类物质几次肠胃导致。如果患者本身有消化道炎症，则更容易出现肠道黏膜受损的情况。如果症状严重，建议及时就医，以免耽误治疗。
建立合理的生活制度，保证睡眠充足，避免过度劳累，注意调整休息时间，遵守合理的作息时间。还应注意饮食清淡，不要吃辛辣刺激性食物。
会伤胃的，可以在餐后服用，因为它可以促进胃肠的蠕动，帮助消化。空腹喝咖啡会对胃部造成刺激，因为咖啡含有咖啡因，会刺激胃部受到刺激，而使胃液分泌增加刺激空胃对胃溃疡等患者不利。
孕妇在怀孕初期不宜饮用咖啡。咖啡中含有咖啡因，对孕妇的血管和中枢神经有刺激作用，孕妇喝咖啡后容易出现神经兴奋、烦躁不安、子宫收缩等异常现象，会影响自身的抵抗力，从而导致胎儿发育不良。此外，在怀孕的早期饮用咖啡可能会刺激胃肠道。这是因为孕妇在孕早期容易出现厌食、恶心呕吐等症状，因为早孕的时候会出现恶心、呕吐、厌食等症状，这时候喝咖啡可能会加重这些症状。
一般来说，孕妇应禁饮咖啡及含咖啡因饮料，特别是怀孕初期不宜饮含咖啡因饮料。
孕妇喝多了咖啡、可乐类饮料会很快透过胎盘对胎儿产生影响，而胎儿则直接受咖啡不利影响。每日饮用过多咖啡或含有大量咖啡因之饮品，孕妇所生宝宝并不像正常宝宝那样活泼可爱，肌肉发育亦不强健，这将影响胎儿骨骼发育、诱导胎儿畸形、甚至造成死胎。