尿道口囊肿是先天性病变被认为是由包皮从龟头上分离出现障碍或者尿道口旁的导管闭塞而引起。后天性囊肿可能由感染引起。简单的囊肿穿刺抽液或者去顶术可能导致复发。
患有尿道口囊肿与机体免疫力低下和内分泌失调直接相关，可导致免疫力下降和局部尿道口扩张，从而引起感染。在正常饮食中，患者应该多吃蔬菜、苹果、香蕉、葡萄、西红柿、绿豆芽、胡萝卜，少吃油腻、油炸、腌制和烟熏的食物。膀胱切除术通常被用来治疗这种疾病。
小孩生殖器囊肿通常是皮口或尿道外口。
包皮口囊肿在包皮交界处，治疗以手术切除为主，若包皮囊肿较大，建议进行包皮环切。若囊肿在尿道外口，建议进行囊肿剪开或剥离，创面要垫住缝合。囊肿具体病因不明，是一种良性病变，切除后没有不良的反应，术后要留置尿管预防，预防切口感染，感染会难以愈合，容易形成瘢痕。也可以选择注射治疗，生殖器部位不建议用注射治疗，防止不良反应。通常囊肿不会很大，早期可以观察，多数预后良好。
囊肿不能挤压的，很容易刺激囊肿增长，或者是疼痛，囊肿是良性肿瘤，可能会出现在皮肤表面，身体如果有囊肿出现，平时不能吃含激素多的食物，注意观察是否有持续增长，有明显症状，需要手术切除治疗。
较小的囊肿不适症状暂时不用治疗，较大的囊肿需要尽早手术，平时注意不要刺激囊肿部位，以免引起感染。囊肿是局部组织出现囊样变化，是与炎症，先天性发育，外伤，自身体质等多因素有关系，囊肿可以长在身体各个部位。
尿道口囊肿是输尿管末端的囊性扩张，胚胎发育期输尿管与尿生殖窦之间的隔膜未吸收消退，形成输尿管口不同程度的狭窄，也可是输尿管末端纤维结构薄弱或壁间段的行径过长，过弯等因素引起，经尿流冲击后形成囊性扩张突入膀胱。
