超过5厘米有扭转而导致肌肤症的风险，需要尽早的做手术治疗手术以后做病理检查。对于小于8厘米的巧克力囊肿可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失。而对于较大的则以手术治疗为先，可以先使用药物治疗下。
对于小于8cm的巧克力囊肿，可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失；而对于较大的巧克力囊肿，需要以手术治疗为先，以防巧克力囊肿因身体运动引起缔结扭转或破裂而加重病情。
巧克力囊肿是需要做手术切除的。当然每个人的病情不同，囊肿的大小和性质也不同。需要在专业的医院做全面的检查之后，医生会根据病情制定全面的合适的手术方案，另外，手术以后，也是要服用一些药物进行辅助恢复的。
手术一般有两种方式，开腹和腹腔镜。传统的开腹手术费用较低，3000元-5000元左右，但是创伤大，需要的恢复时间较长；腹腔镜手术创伤小，术后恢复快，费用总计约7000元-9000元左右，但是术后容易引起粘连。
痛经，经月流到卵巢，诱发腹痛，盆腔炎加重可以中医治疗，用清热的药！囊肿里就是黑色的于血，大多数手术后，粘连严重，术后有复发的可能，需要再次手术巧克力囊肿达到3.0x2.0厘米手术治疗。在腹腔镜下切除，微创，手术损伤小。
巧克力囊肿大于五厘米需要手术治疗，巧克力囊肿还不算大的，暂时不用手术，可以先用中药调理一下，平时要避免劳累剧烈运动，油腻辛辣刺激饮食，之后要再复查下B超，看看囊肿的变化，如果有增大明显，要手术处理。