巧克力囊肿手术后还会痛经，在手术之后还会有痛经的症状，这主要是因为本身的痛经并不是因为卵巢肿大所导致的，或者说痛经除了巧克力囊肿之外还有别的诱发因素，所以会导致做完了巧克力囊肿手术之后依然会痛经。
按摩。按摩足三里穴。用一只手的掌心按准膝盖的顶部，中指下伸的顶端，向外一横指即是三里穴。可以用针灸，也可以用拇指反复按压。按摩指压点。足部含有一些指压点，被认为与骨盆部位的气路相连。在脚踝双边的凹陷处，皆有指压点。
可以根据先看囊肿大小，或许可以先开刀彻底切除囊肿，另外少吃补品类食物，避免囊肿增大。象是豆类，含有雌激素类的就要避免。也可在月经来潮期，多喝热红糖水。缓解痛经现象。
巧克力囊肿的治疗有两种方式，一种是药物控制，效果不好。另一种是手术治疗，能够达到治疗的目的，但是需要选择合适的方式治疗，有些女性需要生育所以只能采取保守治疗方法。
月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，这种囊肿内潴留的陈旧血瘀如巧克力糊状的颜色，故称它为“巧克力囊肿”。确诊后宜立即手术，做囊肿剥出术。
按摩足三里穴用一只手的掌心按准膝盖的顶部，中指下伸的顶端，向外一横指即是三里穴。按摩上腹部仰卧于床，先将两手搓热，然后将两手放在上腹部，按摩指压点足部含有一些指压点，被认为与骨盆部位的气路相连。在脚踝双边的凹陷处，皆有指压点。