月经第二天同房了，外面的细菌容易经过阴道宫颈进入宫腔引起宫腔炎、盆腔炎以及痛经，注意尽量保持外阴清洁，观察有没有下腹痛、阴道分泌物增加、腰骶部坠痛等情况，注意避免再次出现这种情况。来月经的时候，外阴阴道宫颈跟子宫腔是相连通的，由于子宫内膜在脱落，血窦打开，外面的细菌较容易逆行性感染，所以经期禁止进行性生活。
月经干净第二天同房是不会怀孕的。
这段时间即使没有进行任何的保护，怀孕的也可能性非常小。怀孕是指在子宫内膜发育到一定的程度后，受精卵就会着床妊娠。女性在经期后的第一日，由于体内的子宫内膜比较稀疏，所以不能达到受精卵着床的要求。在排卵期同房时，有比较高的受孕概率，一般是在下一次来潮的十四日左右。在两个周期之间，女性的排卵期通常会维持2-3天。如果没有怀孕需求，可以采取节育的方法。
由于每个女性的月经周期不同，而且月经期也有长短差异，所以在来完月经第二天同房，仍然可能会引起怀孕。因为安全期通常是指月经第一天的前七天和后八天，如果女性月经不规律，月经周期提前，而月经经期又延长，那月经干净后第二天可能是在排卵期，此时会有卵子排出，同房时又未采取避孕措施，就可能会导致怀孕。同时女性在同房时受到性兴奋刺激，可能会引起异常排卵，这种情况也可能会导致怀孕。
例假结束后的第二天是在安全期内，同房如果没有采取避孕措施，仍然有可能会怀孕。在同房后十天可以去做抽血检查hcg来判断是否怀孕。如果频繁人流的话，有可能会对以后生育造成影响。
一般来说，月经最后几天同房了，对女性身体健康不利，因为在月经还没有结束的时候同房容易造成子宫内膜炎症或者妇科炎症。因为性生活过程中可能会发生逆行感染。但是如果注意性生活卫生，或者性生活时使用避孕套，一般发生感染的几率会下降，但是不建议月经期性生活，因为对女性身体健康影响还是比较大，而且有时候也容易产生抗精子抗体，可能影响以后怀孕。