导管射频消融术适合预激综合征合并阵发性心房颤动和快速心室率做，房室折返性心动过速、房室结折返性心动过速、房速和无器质性心脏病证据的室性心动过速呈反复发作性或合并有心动过速心肌病，或者血流动力学不稳定者都适合做。
射频消融术在血管穿刺过程中可发生并发症，包括局部出血、血肿、感染、气胸、血栓形成、栓塞等，导管操作并发症包括主动脉瓣返流、心肌穿孔、心包填塞等，放电消融并发症包括房室传导阻滞、心肌梗死等。
射频消融利用热凝固的原理，通过凝固和坏死蛋白，使包括肿瘤细胞在内的组织死亡。但是，如果治疗过程涉及到周围的神经血管或肠、尿管系统，可能会引起并发症，如肠漏、血管漏、胆漏，有时甚至烧灼血管，导致大出血。因此，射频消融术虽然是一种微创手术，不是一种大手术，但一旦发生并发症，也是致命的。因此，射频消融技术的操作必须在严格筛选和技术控制的前提下进行。
射频消融术一般有5%-7%的患者可能会出现不同种类的并发症，相对而言，较为严重的并发症有短暂性脑缺血发作、脑卒中、心脏压塞、膈神经损伤等，还有一些患者可以出现相对比较罕见的并发症，比如肺静脉狭窄。
射频消融手术对心房存在损害，应用于室上性心动过速、室性早搏或房性早搏中，病人术后恢复较快。随着临床房颤消融术的普遍应用，且由于左心房后部紧贴食管，个别情况下在房颤消融术中可能对食管造成损伤，因此房颤消融术后需长时间服用胃黏膜保护剂及抑制胃酸分泌药物，保护食管，避免发生食管心房瘘，对病人造成致命性损害。
射频消融治疗肝癌会使肝区疼痛，体温波动发热、气胸。还会引起黄疸和腹水，导致肝周围正常的细胞坏死，肝脏穿剌处的出血或肝被膜下血肿、肝脓肿，离胆囊近的地方出现急性胆囊炎，肝脏周围器官的损伤，影响肝功能正常运行。
