双侧多发肾结石并发肾积水首先考虑体外冲击波碎石治疗。要积极治疗肾结石，结石排出后，肾积水一般都会自行消失。小于0.6厘米的结石，口服排石药物治疗，较大的结石可选择体外震波碎石，然后多喝水，多运动，促进结石排出。
肾结石、肾积水、输尿管扩张考虑为肾结石引起肾积水，而输尿管结石导致输尿管扩张，可以通过保守治疗、手术治疗来干预。
肾结石可能导致肾脏堵塞，形成肾结石，但通常并不会引起输尿管的扩张。如果出现输尿管扩张的情况，可能是输尿管结石造成的。而输尿管结石通常是肾结石掉落到输尿管中引起的，可能引起结石的滞留，进而出现肾结石、肾积水及输尿管扩张的情况。如果结石比较小，可以通过使用药物、多喝水来促使结石排出；但如果结石比较大，则需要及时行外科手术，来取出结石。
肾积水伴输尿管结石可以通过一般治疗、药物治疗、手术治疗来改善病情。
1、一般治疗：当出现肾积水合并输尿管结石时，患者可能会出现恶心呕吐、腰腹部疼痛、排尿困难、血尿等不适，在治疗的过程中要注意多喝水，适当的运动，一般有利于缓解梗阻的情况。
2、药物治疗：建议遵医嘱进行药物治疗，如使用枸橼酸氢钾钠颗粒、碳酸氢钠片等药物，可以碱化尿液，促进结石排出。如果出现了肾绞痛，一般要遵医嘱应用双氯芬酸钠缓释胶囊等非甾体类镇痛抗炎药物。
3、手术治疗：在保守治疗无效的情况下，可积极就医，采用体外冲击波碎石、经皮肾镜碎石术、输尿管镜碎石等方法进行治疗。
双肾结石、双肾积水比较严重，建议患者积极配合治疗。具体分析如下：
双肾结石、双肾积水，说明病情严重，需要详细检查，制定详细的治疗方案。双肾结石、双肾积水，说明肾功能受到一定影响，需要及时处理，否则可能出现梗阻性无尿，尽量保留肾功能。如果病情比较复杂，可以先处理一侧的结石；如果结石的情况不是很复杂，可以在两侧同时进行治疗。
肾积水的症状如果非常严重的话，肾盂和输尿管的部位就会有可能被扩张的也非常严重，应该立即采取手术的方法来进行治疗，要不然的话就会造成其他更加严重的疾病的发生。如果肾积水的症状不是特别严重，梗阻的也比较轻，可以应用药物治疗配合矫正手术进行治疗。
肾结石0.4cm对肾的危害主要体现在尿路感染、肾实质破坏、肾绞痛以及肾积水四个方面。尿路感染。肾结石的存在容易引起尿流不畅，尿流不畅就会引起尿路感染，尤其容易引起急性肾盂肾炎，严重的可能引起肾周脓肿、肾乳头坏死。