肛瘘手术以后第一次解大便，患者会发现大便量很少，里面可能还夹有很多暗黑色像血块一样的东西，可能是手术过程中流到肠腔里积存下来的陈旧性血块，都是正常现象。
肛瘘的表现是：自外口流出少量脓液，污染内裤；有的时候脓液刺激肛周皮肤，有瘙痒感。若外口暂时封闭，脓液积存，局部呈红肿，则有胀痛，封闭的外口可再穿破，或在附近穿破形成另一新外口，如此反复发作，可形成多个外口，相互沟通。如瘘管引流通畅，则局部无疼痛，仅有轻微发胀感觉不太舒适。
流脓：脓液多少与瘘管大小、长短及数目有关。新形成或炎症急性发作期的瘘管脓多、味臭、色黄而浓厚，经久不愈的瘘管脓液较少或时有时无。脓液急剧增多，局部脓肿，体温增高。常因肛瘘炎症急性发作或有支管形成。结核性肛瘘脓液多而清稀，呈米泔水样，可有干酪样坏死物。肿块：肛缘索条状硬块。
肛瘘的症状有流脓，肿痛，肿块，瘙痒，全身症状，复杂或迁延日久常有排便困难、狭窄、贫血、身体消瘦、精神萎靡、神经衰弱等症状，继发感染时有不同程度的体温升高等全身症状。
肛瘘手术后有出血情况。认为是大出血一般出血超过400毫升以上属于大出血，肛瘘手术一般没有这么大的出血量。如果有活动出血需要结扎出血点，如果是切口渗血可以使用压迫止血。