肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
按病变程度分类：单纯性肛瘘，只有一条瘘管，内外口直通的肛瘘；复杂性肛瘘，瘘管和外口在两条或两个以上，但内口可以是一个或多个的肛瘘。按病变的深浅分类：低位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层以下的肛瘘；高位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层或耻骨直肠肌以上，内口在齿线或齿线以上的肛瘘。
肛门口周围流脓，周期性发作，时有时无，脓液较少。一般不疼，当脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻。脓液经常刺激瘘口周围皮肤，致肛门皮肤瘙痒或湿疹。肛门口周围有肿块。
轻度肛瘘的症状有流脓，疼痛，瘙痒，排便不畅等症状，在日常生活中如果不注意饮食的健康经常劳累过度，身体就会出现这样那样的疾病，特别是肛瘘的出现，使得很多病人感到十分的痛苦，而且该疾病一定要手术才能够治疗为此病人一定要有心理准备。
肛瘘的检查方法可以做肛门指检，肛门指检为最常见、最直接的检查方法，可触及条索状物及硬结。还有就是美兰造影，将美兰从外口打进，如果美兰由肛门流出，可诊断肛瘘。影像学检查包括B超、磁共振、肛瘘造影。手术探查需在麻醉状态下进行。