一旦确诊为肛瘘，唯一有效的方法就是手术的，除此之外没有任何保守疗法的，可以选择微创无痛手术的。建议多注意观察目前的情况，可以使用碘伏液进行擦拭消毒。疼痛感会随着时间慢慢减少减小。恢复需要一个多月的时间。
外用药物慢慢是可以起到缓解的，如果已经出现肛瘘了，那必须通过手术来治疗，而且平时需要养成定时排便的习惯，避免吃辛辣刺激性的食物肛瘘是需要通过手术来治疗的，因为他单纯外用药都不能治疗，他不像是痔疮或者肛裂。
电疗仪治疗，运用现代肛瘘电疗仪的高温物理技术治疗，利用电弧放电产生高温，对局部组织进行烧灼，以切开肛瘘达到治疗目的。冷冻治疗，适用于低位单纯性肛瘘的治疗，是利用液氮使瘘道发生凝固性坏死。继而脱落，形成新的创面而自愈。
肛瘘是较常见的肛门病变，是由肛门直肠脓肿破溃或切开排脓后形成，目前没有特效治疗，只有手术才能治好，保守治疗无效，平时保持好局部卫生，养成按时排便的习惯，便后及时清洗，不吃辛辣食物，忌烟酒，多吃新鲜蔬菜和水果，多吃含纤维素高的食品，预防便秘，以免加重病情，限期手术治疗肛瘘。
10天-15天可以治愈，冷冻治疗，适用于低位单纯性肛瘘的治疗，是利用液氮使瘘道发生凝固性坏死。继而脱落，形成新的创面而自愈。电疗仪治疗，运用现代肛瘘电疗仪的高温物理技术治疗，利用电弧放电产生高温，对局部组织进行烧灼，以切开肛瘘达到治疗目的。